Ο Ιωάννης Βαφειαδάκης γεννήθηκε τον Φεβρουάριο του 1967 στο Αιγάλεω Αττικής. Κατά τα εφηβικά του χρόνια υπήρξε πρωταθλητής του στίβου και μέλος ποδοσφαιρικών ομάδων. Το 1984 εισήχθη με Πανελλαδικές εξετάσεις στο Μαθηματικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Κρήτης από όπου και αποφοίτησε τον Ιούνιο του 1988. Το 1988 – 1989 απέκτησε μεταπτυχιακό δίπλωμα ειδίκευσης (Master) από το Μαθηματικό Τμήμα του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Κατά το χρονικό διάστημα 1989 – 1991 υπηρέτησε τη στρατιωτική του θητεία στην Πολεμική Αεροπορία.
Έκτοτε εργάστηκε ως Καθηγητής Μαθηματικών σε Φροντιστήρια Μέσης Εκπαίδευσης μέχρι το 1998 όπου ίδρυσε στο Αιγάλεω Φροντιστήριο Μέσης Εκπαίδευσης και Σχολή Πληροφορικής με διακριτικό τίτλο «ΣΥΓΧΡΟΝΟΣ ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΙΚΟΣ ΟΜΙΛΟΣ ΒΑΦΕΙΑΔΑΚΗΣ» το οποίο λειτουργεί ως σήμερα. Το 2013 ιδρύθηκε φροντιστηριακή μονάδα στη Νίκαια, ενώ από τον Ιούνιο του 2014 ο Όμιλος Φροντιστηρίων «ΒΑΦΕΙΑΔΑΚΗΣ» συμπληρώθηκε με το εκπαιδευτήριο του Περιστερίου. Τέλος, από το 2022 προστέθηκε και το εκπαιδευτήριο του Κορυδαλλού. Παράλληλα στα Εκπαιδευτήρια του Αιγάλεω, του Περιστερίου της Νίκαιας και του Κορυδαλλού λειτουργούν Κέντρα Δια Βίου Μάθησης (ΚΔΒΜ).
Είναι παντρεμένος με την καθηγήτρια Φυσικής, Ιωάννα Αποστολίδου και πατέρας δυο παιδιών, της Ελευθερίας 29 ετών η οποία είναι πτυχιούχος του Μαθηματικού τμήματος, του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, κάτοχος Μεταπτυχιακού Τίτλου Σπουδών στον τομέα «Magister Artium – Συνεχιζόμενη Εκπαίδευση και Δια Βίου Μάθηση», και του Μιχάλη, 27 ετών ο οποίος είναι πτυχιούχος του Τμήματος Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών και κάτοχος Μεταπτυχιακού Τίτλου Σπουδών στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) πλήρους φοίτησης «Εφαρμοσμένα Οικονομικά και Χρηματοοικονομικά» του Τμήματος Οικονομικής Επιστήμης του Ο.Π.Α.
Επίσης, από το 2010-2014 διετέλεσε Πρόεδρος του Συλλόγου Εκπαιδευτικών Φροντιστών Αττικής (Σ.Ε.Φ.Α.) και από τον Ιούνιο του 2014 ανέλαβε την προεδρία της Ομοσπονδίας Εκπαιδευτικών Φροντιστών Ελλάδος (Ο.Ε.Φ.Ε.) έως και σήμερα. Το 2011 εξελέγη για πρώτη φορά στο Δ.Σ. του Επαγγελματικού Επιμελητηρίου Αθηνών, στο οποίο επανεξελέγη τον Δεκέμβριο του 2017 και από τον ίδιο μήνα είναι μέλος και της Διοικητικής Επιτροπής του ΕΕΑ ως Υπεύθυνος Συμβουλευτικής Υποστήριξης Επιχειρήσεων, ενώ από το Μάρτιο του 2012 μετέχει στο Διοικητικό Συμβούλιο του Ευρωπαϊκού Δικτύου Φροντιστηριακής Υποστήριξης (ENES) – European Network in Educational Support – κατέχοντας την θέση του ταμία ως Εκπρόσωπος των Ελλήνων Φροντιστών. Στις εκλογές της ΓΣΕΒΕΕ που έλαβαν χώρα τον Οκτώβριο του 2019 εξελέγη στο ΔΣ της Συνομοσπονδίας, αλλά και στο Προεδρείο όπου ανέλαβε τα καθήκοντα του Β΄ Αντιπροέδρου, ενώ από το 2022 κατέχει τη θέση του Α΄ Αναπληρωτή Γραμματέα στο προεδρείο της ΓΣΕΒΕΕ. Από τον Νοέμβριο του 2019 μετέχει στα ΔΣ του ΚΕΚ ΓΣΕΒΕΕ και του ΙΜΕ ΓΣΕΒΕΕ.
